I primi lavori

Alla scuola artistica che frequentava Kishimoto espose Karakuri nel 1995 e che lo porterà a vincere l'importante premio Hop Step l'anno seguente. Comincia così la sua carriera : Kosuke Yahagi diventa il suo editor e comincia a lavorare a vari bozzetti rifiutati, un manga slice-of-life dal titolo Michikusa e uno d'azione, Asian Punk (アジアンパンク, ajian Panku). Nel 1997 comincia a lavorare al primo one-shot di Naruto, pubblicato in estate sull'Akamaru Jump.
Nel dicembre dello stesso anno, mentre è in corso la valutazione di Karakuri per trasformarlo in una serie, viene richiesto a Kishimoto un nuovo one-shot, sospeso poi per l'inizio della serializzazione del suo primo manga. Nonostante tutto, dopo solo due capitolo Karakuri viene sospeso a causa dello scarso interesse del pubblico.
Cominciò così a pensare a diversi progetti di seinen, tra cui Yakyūō ( 野球王, ossia Il re del baseball), ambientato nel mondo del baseball, e un manga di stampo mafioso, Mario (マリオ). Il suo editore lo convinse comunque a tentare un'ultima volta la sorte con i manga shonen e il futuro padre di Naruto si dedicò alle bozze di Magic Mushroom ( マジックマッシュルーム, Majikku Masshurūmu), un one-shot di stampo fantasy. Ma anche questo manga fu sospeso, poiché gli venne chiesto di lavorare allo storyboard per la serializzazione di una nuova versione di Naruto, completamente rielaborata. Furono realizzati i primi tre capitoli, che si guadagnarono un posto nella rivista Weekly Shōnen Jump. Nel numero 43 del 1999 inizia a così la serializzazione di uno dei manga più seguiti in Giappone e nel mondo: Naruto.
Due suoi ex assistenti, Osamu Kajisa e Yuuichi Itakura, hanno riscontrato un discreto successo grazie ai loro manga Tattoo Hearts e Hand's. Nel 2009 progettò un costume per il personaggio Lars Alexandersson di Tekken 6 che apparve anche nel videogioco Naruto Shippuden:Ultimate Ninja Storm 2. Nel 2010 viene pubblicato un suo one-shot, Bench, come parte del progetto di Shonen Jump Top of the Super Legend, una serie di sei manga di mangaka famosi. Nell'aprile 2012 viene proposto un one-shot basato sulla sua serie di stampo mafioso, Mario.