Dopo Naruto

Terminato Naruto, Kishimoto fu coinvolto nel Naruto: Shinjidai Kaimaku Project, che commemora la conclusione del manga e il suo quindicesimo anno di pubblicazione; nel 2015 un breve spin-off, Naruto: Il settimo hokage e la primavera scarlatta comparve sulle pagine di Weekly Shonen Jump, tra aprile e luglio del 2015. Collaborò nella realizzazione dei film The Last: Naruto the Movie e Boruto: Naruto the Movie e si occupò di illustrare diverse light novel basate sulla serie. Dopodiché si è preso una pausa.

Nell'agosto 2015 il mangaka ha annunciato di avere già portato a termine il progetto per un nuovo manga di genere fantascientifico e con un protagonista unico, prevedendo di superare Naruto in tema di qualità. Tuttavia sarà rilasciato a cadenza mensile a causa di problemi di salute riscontrati durante la realizzazione del suo manga precedente.
Kishimoto si è sposato nel 2003, ma essendo occupato nella serializzazione di Naruto ha spostato la luna di miele al 2015. La coppia ha un figlio. Nel 2014 muore il padre e l'autore gli dedica il capitolo 668 di Naruto.